Nota 2) Tutti gli organismi animali e vegetali che vivono in stretto contatto con il fondo compongono quello che in termini tecnici viene indicato come comparto marino bentonico o "benthos"; essi costituiscono uno strato vivente dove è possibile incontrare organismi sessili(foto a), attaccati al substrato, e organismi vagili, i quali, invece possono muoversi in varia misura sopra e dentro di esso. Gli organismi bentonici sono i maggiori componenti della vita nel mare e presentano spesso caratteristiche e modi di vita assai differenti rispetto a quelli che trascorrono la loro intera esistenza, o una parte di essa, nelle acque libere e che costituiscono l'altro comparto marino, quello pelagico o "pelagos".

Nota 3) E' molto frequente che vi siano, all'interno di una comunità biologica, aree che presentano caratteristiche ambientali (illuminazione, esposizione ai movimenti delle acque, etc.) assai differenti rispetto a quelle che s'incontrano nel resto della stessa biocenosi. Ciò rende possibile la presenza di enclavi di popolamenti caratteristici di altre biocenosi all'interno di altre comunità.

Nota 4) Si definiscono fotofili quegli organismi, in massima parte vegetali, che necessitano di una buona quantità di luce e che quindi vivono in ambienti ben illuminati.

Nota 5) Si definiscono sciafili quegli organismi, per lo più animali, che richiedono ambienti con condizioni di luminosità attenuata

Nota 6) Appartengono alla classe Rodoficee o alghe rosse almeno 4.000 specie, quasi tutte pluricellulari e marine. Sono alghe sciafile, ovvero che meglio si adattano a vivere in assenza di luce diretta quando sono a bassa profondità e che risultano dominanti sulle altre alghe soprattutto in profondita. Questa loro peculiarità è dovuta alla presenza di un pigmento, la ficoeritrina, di colore rosso e che, pertanto, è in grado di sfruttare più efficacemente le radiazioni blu, che sono quelle che giungono più in profondità. Il tallo può avere, in molte specie, consistenza cartilaginosa e calcarea

Nota 7) Le alghe appartenenti alla classe Cloroficee o alghe verdi comprendono, tra l'altro, molte forme macroscopiche marine, con dimensioni che variano tra meno di un millimetro e qualche decimetro.

Gran parte delle specie sono annuali ed alcune sono perenni.

La maggioranza delle Cloroficee macroscopiche marine vivono sui fondi duri, preferendo le acque molto prossime alla superficie.

Molte forme sono molto resistenti e poco esigenti riguardo alla qualità dell'ambiente, per cui il loro proliferare a discapito di altre alghe può indicare ambiente stressato da cause naturali o dall'inquinamento.

Nota 8) Le alghe della classe Feoficee, dette comunemente alghe brune, comprendono numerose specie pluricellulari e di notevoli dimensioni il cui colore dominante è, appunto, il bruno, a causa della presenza di un pigmento detto fuxantina. In realtà, però, la loro colorazione varia tra toni verdastri, verde-oliva, giallo-dorati e biancastri e solo raramente sono realmente marroni. Il tallo può avere consistenza gelatinosa, carnosa, cartilaginosa, membranosa e, più raramente, calcarea. Sono note oltre 1.500 specie di alghe brune distribuite prevalentemente nei mari temperati, ma ben rappresentate anche nei mari tropicali. Nel Mediterraneo costituiscono, senza dubbio, i principali componenti fisionomici dei grandi popolamenti algali rinvenibili prevalentemente sui fondi solidi a basse e medie profondità.

Nota 9) Una delle caratteristiche principali che consentono di distinguere agevolmente le alghe dalle fanerogame, è l'inconfondibile presenza in qust'ultime di vere radici, fusti e foglie.

Nelle piante marine l'apparato vegetativo, il fusto, è prostrato e generalmente sepolto nel sedimento. Le foglie, che appaiono come fasci che spuntano dal sedimento ad intervalli regolari, sono strette ed allungate, nastriformi, ed hanno sempre nervature parallele, come quelle del granoturco, cui sono d'altronde sistematicamente vicine.

Le fanerogame mediterranee più comuni lungo le coste del Golfo di Napoli sono Posidonia oceanica e Cymodocea nodosa.

Anche se, rispetto alle alghe, le piante marine sono rappresentate da un numero di specie ridottissimo, esse sono estremamente importanti per l'uomo in quanto hanno un'importanza ecologica fondamentale nell'economia naturale dell'ambiente marino, principalmente grazie alla loro capacità di formare estese praterie sui fondi sabbiosi o sabbio-fangosi costieri.

All'interno di queste praterie sommerse si instaurano delle complesse relazioni trofiche. Esse producono, infatti, quantità molto elevate di materiale vivente liberando contemporaneamente ossigeno (fenomeno che si indica in termini ecologici come "produttività primaria"); costituiscono il rifugio, l'area di riproduzione ed accrescimento ed una ricca fonte di nutrimento per moltissime specie, sia di pesci sia di invertebrati, moltissimi dei quali anche d'interesse commerciale e, quindi, d'immediata utilità per l'uomo. Inoltre, l'esportazione di grandi quantità di materia organica verso i fondi marini limitrofi non ricoperti da vegetazione, contribuisce al sostentamento di catene alimentari che conducono anche a specie d'importanza peschereccia. Esse rappresentano, inoltre, vere oasi di vita marina di valore scientifico enorme. Non ultima è l'azione di protezione dei litorali dall'erosione operata dal moto ondoso che le praterie marine esercitano fissando i fondi mobili grazie alla presenza delle radici.

Nota 10) Il termine "coralligeno" è dovuto al fatto che, in epoche passate, frammenti di corallo rosso, unitamente a numerosi pezzi di svariati organismi calcarei, venivano rinvenuti nelle reti calate su questi fondali. In effetti il riferimento al corallo è errato poichè questo celenterato si trova prevalentemente nelle grotte e negli anfratti più bui sugli strapiombi e solo occasionalmente il Corallium rubrum è presente in questa comunità in punti con condizioni favorevoli al suo sviluppo.

Tuttavia parlare di "coralligeno" non è completamente inappropriato in quanto l'aspetto singolare della comunità è dato dalla intensa trasformazione del substrato operata da alcune alghe calcaree, in prevalenza Rodoficee Corallinacee come Lithophyllum expansum e Lithophyllum dentatum, e Peyssonneliaceae come Peyssonnelia squamaria, i cui talli accrescendosi, sgretolano il fondo, rendendolo estremamente poroso e cementando gusci di conchiglie e qualsiasi resto calcareo di altri invertebrati. Per questa peculiare modalità di accrescimento, le alghe calcaree presenti nel coralligeno, hanno un ruolo fondamentale nella costruzione della comunità stessa.

In questo continuo lavoro di erosione del substrato le rodoficee calcaree sono fortemente aiutate dall'azione di varie specie di Spugne perforanti, come ad esempio le comuni Clione celata e Clione viridis. Generalmente ciò che è possibile osservare di questi invertebrati sono solamente i grandi osculi, ovvero le aperture dalle quali fuoriesce l'acqua dopo essere stata attivamente filtrata dall'animale per nutrirsi, mentre il resto del corpo cresce all'interno del substrato. In una tipica comunità di coralligeno complessa e ben sviluppata è possibile individuare una stratificazione ben precisa degli organismi che la popolano. Uno strato inferiore formato dall'azione cementante dei talli delle Rodoficee calcaree che costituisce la base su cui poggia e si sviluppa l'intera comunità. Su questo intricatissimo substrato organogeno crescono invertebrati spesso bassi ed incrostanti; Briozoi, Poriferi incrostanti comeSpirastrella cunctatrix e Cnidari Antozoi come Cladocora cespitosa, Leptosammia pruvoti (vedi 2 a n°3), Astroides calycularis (vedi 3 a n°2), Parazoanthus axinellae (vedi 10 n° l).

Uno strato intermedio risulta formato da grandi colonie di Briozoi come Sertella septentrionalis e Myriapora truncata, Poriferi Haliclona mediterranea (10 p) e Clathrina clathrus (vedi 2 a n°1) , Ascidie come Microcosmus sulcatus (10 q) e Clavelina lepadiformis (10 r), Idrozoi come Halecium beanii (10 s) e Aglaophenia pluma (10 t), vermi Anellidi Policheti Sedentari come Filograna implexa (10 6) e Protula intestinum (11 g), Echinodermi come Centrostephanus longispinus (10 u), Echinus acutus (10 v), Hacelia attenuata (10 z).

Infine vi è uno strato superiore con specie generalmente erette e di aspetto arborescente assai alte e vistose costituito da grandi Cnidari Antozoi Gorgonacei come Eunicella cavolinii (10-1) e Paramuricea clavata (10-2), Poriferi come Axinella polipoides (10-3), Cnidari Antozoi Alcionacei come Alcyonum palmatum (10-4) e Parerythropodium coralloides(10-5).

Assai vari sono gli organismi epibionti che si possono incontrare in questa comunità, in particolare ancorati sugli organismi che costituiscono lo strato arborescente come il Polichete Filograna implexa (10-6).

Nota 11) Uno dei gruppi meglio rappresentati è quello dei Poriferi, che in questo ambiente crescono copiosamente, ricoprendo spesso altre spugne o altri invertebrati sessili. Molte specie sono caratteristiche, anche se non esclusive, di questo almbiente come ad esempio Spirastrella cunctatrix (10 i n° 4), Oscarella lobularis (11-b), Agelas oroides (10 i n° 1), Petrosia ficiformis (10 i n° 2), Chondrosia reniformis (10 i n° 3), etc.

Fra gli Cnidari, gli Antozoi sono piuttosto numerosi; è possibile talvolta incontrare infatti piccoli rami del Gorgonaceo Corallium rubrum (11 e) con le diafane colonie di polipi espansi, Parazoanthus axinellae (11 a n° 4), Leptosammia pruvoti (2 a n° 3), ect.

Anche i Celenterati Idrozoi sono piuttosto numerosi; Eudendrium racemosum, Halecium beani (10 s), Aglaophenia pluma (10 t), etc.

Alcune specie di Briozoi si incontrano spesso numerosi nei punti dove le correnti consentono un migliore trasporto di cibo; Sertella septentrionalis (10 n), Myriapora truncata (10 o), etc.

Anche vari Anellidi Policheti vivono bene in grotta e spesso è possibile scorgere solamente i variopinti pennacchi delle branchie di questi sospensivori sedentari che sporgono fra le Spugne che ricoprono i tubi dentro cui dimorano questi vermi.

Tra i Molluschi Gasteropodi, è frequente l'incontro con alcune Cypree come Luria lurida (11 h), e vari Opistobranchi, in particolare alcuni Nudibranchi del genere Hypselodoris (10 c n° 1).

Altro raggruppamento ben rappresentato è quello dei Crostacei con l'aragosta Palinurus elephas (11 i), la Galatea Galathea strigosa (11 l), il comunissimo gambero esca Palaemon serratus (11 m), il maestoso gambero giallo Stenopus spinosus (11 n) che vive negli anfratti più bui.